В справочник Регулярных услуг (R288) добавлены реквизиты:

Счет взаиморасчетов - для того чтобы для услуг можно использовать не обязательно счет указанный в справочнике Контрагентов (R01)

Договор - для случая если каждая из услуг этого Контрагента проходит по разным договорам или договор на услуги отличается от договора на Поставку

Примечание - чтобы можно было при выборе отличать разные услуги одного Контрагента.

Соотвественно при формировании счетов фактур на Регулярные услуги из справочника если в нем заполнены соответствующие реквизиты,

то значения берутся из них. В противном случае - как и было раньше используются значения по умолчанию.