В справочник R01 Контрагенты (Заказчики) было добавлено поле "Не формировать счета - фактуры".

Если какому-либо контрагенту установить значение данного поля в "Да", то для него не будут формироваться счета-фактуры продажи,

не зависимо от того, откуда было запущено формирование: из накладных по Ctrl+F6, или из дерева модулей

Реализация->Документы->Счета-фактуры-Формирование