ПАРАМЕТРЫ АРХИВАЦИИ

Добавьте в системный параметр "Строка архивации" параметр -hbf

Этот параметр указывает, что в архив следует включать файлы с любыми

атрибутами, включая скрытый (по-умолчанию, он не включается).

Иначе закрытые для изменений файлы Win версии не будут сохраняться в архиве