При списании основного средства, по которому есть остаточная стоимость, нужно восстанавливать НДС.

Для этого, в акте списания ОС необходимо указать процент НДС и по Ctrl+F6 сформировать счет-фактуру

(которая будет в книге продаж). Из актов списания счет-фактуру можно посмотреть по Ctrl+F1.